Ставить или не ставить двойку учитель решает с учетом личности учащегося. Некоторым нужно обязательно ставить, и не только двойку, но и как  раньше -  единицу. Хотя,  нужно  также признать, что не для всех учащихся это действует. Ну а для других - это не так актуально. Что касается, перевода из класса в класс с двойками - с учетом ЕГЭ, это не лучший способ.