Чтобы понять, как можно применять игры, сначала нужно их классифицировать.
Я выработал некоторые категории и вписал в них отличительные черты.

Итак, компьютерные образовательные игры бывают:

Тип геймплея
От первого лица
От третьего лица

Типы головоломок
Общие (типа паззл)
Предметные

Графика
3D
3D фотографическая
Видео-интерактив
2D

Подтип игры
Квест в произвольном мире
Квест в реальном мире
Эпизодическая предметная специализация-тренажёр (на рынке их существует достаточно)
Комплексная предметная специализация-симулятор (на рынке они также существуют)
Поведенческий ролевой квест – психологические, экономические, гуманитарные,
технические, естественные.

Структура игры
Законченный законченный сюжет
Модульный сюжет с общим сюжетным ядром
Модульный сюжет с разным сюжетным ядром

Методы создания игровых сцен
Фотография
Рисования с нуля
Рисование обводкой фотографии

Сюжет
Нелийненый
Линейный

Ограничения на выход из сцены
Действия в рамках одной сцены
Полная свобода передвижения

Действия с предметами
Выбор действия
Определённое одно действие

Взаимодействие предметов
Предметы взаимодействуют
Предметы не взаимодействуют

Cвобода применения предметов
Полное управление предметами
Применение предмета строго по назначению

Герои на сцене
Динамичные
Статичные

Стиль общения с персонажем
Реплики появляются над героем
Появляется силуэт

Эта структура может и не полна,
но она точно поможет определиться
и понять какие вообще есть варианты.

--------------------------------------------

Сюжет игры - творческая соль игры. От него зависит какая будет игра - увлекательная или нет. Здесь сильно поможет опыт игры в различные игры, книги, сказки, потому что человечество создало массу классических интереснейших сюжетов, которые можно использовать (нам же нужно создать эффективный инструмент для себя и быстро!).

---------------------------------------------

Сюжеты игр для предметников (уникальные или имеющиеся проекты):

Искусство- путешествие по картинам великих худождников, поиск недостающих элементов картины и их появление в других полотнах. Так мы формируем не просто знание общих очертаний картины, но и анализируем детали.

Технология-выполнение действий в повседневности реального мира, процесс, алгоритм выполнения.
Информатика-Игра Информатикус. Приключения героя в выдуманном мире. Поиск и решение головомок.

География-Игра Географикус. Погоня за кем-нибудь или в поисках чего-нибудь. Поиск древнего предмета по подсказкам-ключам, в процессе игры происходит знакомство с материалом предмета.
История-Альтернативная история или реальное событие. Моделирование своими действиями реальных событий.

Физика-Игра Физикус. Путешествие во времени и решение задач с людьми эпохи изобретения или отрытия определённых явлений и законов. #Ньютон - яблоко-упало на голову.

Биология-Игра Биотопия. Путешествие по миру, изучение, исследование, выполнение заданий.

Алгебра и Геометрия- Приключения в мире математики или реале. Задачи нужно скрыть за бытовыми проблемами - переливание, вычисление площади.

Химия - Игра Химикус. Виртуальная лаборатория- можно отснять на фотоаппарат разные кадры реакций, действий и сделать виртуальную лабораторию. На фото можно наложить анимацию дыма, взрыва и других явлений.

Психология, ОБЖ - Моделирование конфликтных, экстримальных ситуаций, необходимо выполнять определённые действия, работать с предметами (взять огнетушитель, активировать, тушить).

Общий интересный сюжет также может включать различные элементы разных дисциплин, что сильно разнообразит процесс, но сделает игру более трудоёмкой.